Основные полномочия Россельхознадзора в сфере карантина растений определены постановлением Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 327 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору» (далее Положение).

Согласно Положению Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в карантина и защиты растений.

Россельхознадзор осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы с привлечением уполномоченных и подведомственных ей организаций, которые аккредитованы и имеют лицензии в установленной сфере деятельности, во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Россельхознадзор осуществляет:

-государственный карантинный фитосанитарный контроль (надзор) в пределах своей компетенции;

-государственный контроль (надзор) за соблюдением требований технических регламентов, полномочия по осуществлению которого возложены Правительством Российской Федерации на Федеральную службу по ветеринарному и фитосанитарному надзору;

- мониторинг карантинного фитосанитарного состояния территории Российской Федерации;

- формирование и ведение базы открытых данных карантинных фитосанитарных зон в электронной форме;

- контроль за посевом и посадкой подкарантинной продукции, ввезенной в Российскую Федерацию из иностранных государств или групп иностранных государств, где выявлено распространение карантинных объектов, характерных для такой подкарантинной продукции;

Россельхознадзор выдает:

- фитосанитарные сертификаты, реэкспортные фитосанитарные сертификаты и карантинные сертификаты.

Россельхознадзор осуществляет:

проведение анализа фитосанитарного риска;

- введение, изменение и отмену экстренных карантинных фитосанитарных мер;

- контроль на территории иностранных государств или групп иностранных государств в местах производства (в том числе переработки), отгрузки подкарантинной продукции, ввозимой в Российскую Федерацию в целях ее использования для посевов и посадок из иностранных государств или групп иностранных государств, где выявлено распространение карантинных объектов, характерных для такой подкарантинной продукции, в соответствии с международными договорами Российской Федерации;

- обеспечение защиты подкарантинной продукции, подкарантинных объектов в отношении их состава, замены и возможности повторного заражения и (или) засорения начиная с момента выдачи фитосанитарного сертификата, реэкспортного фитосанитарного сертификата до начала осуществления экспорта;

- ведение федеральных государственных информационных систем выдачи и учета фитосанитарной документации, результатов лабораторных исследований в области карантина растений и лицензий на право выполнения работ по карантинному фитосанитарному обеззараживанию;

- включение в реестр подкарантинных объектов, на которых используются технологии, обеспечивающие лишение карантинных объектов жизнеспособности;

- установление карантинного фитосанитарного состояния территории Российской Федерации, карантинное фитосанитарное обследование растений в вегетационный период как в зонах их возделывания (лаборатории, питомники, плантации, поля, сады, теплицы и другие), так и в зонах произрастания дикорастущих растений, а также хранимых или транспортируемых растений и растительной продукции;

- установление и упразднение карантинных фитосанитарных зон, введение и отмену карантинного фитосанитарного режима, организацию осуществления мероприятий по локализации очага карантинного объекта и (или) ликвидации популяции карантинного объекта;

Россельхознадзор осуществляет государственный карантинный фитосанитарный контроль (надзор), направленный на обеспечение охраны растений и территории Российской Федерации от проникновения на нее и распространения по ней карантинных объектов, предотвращение ущерба от распространения карантинных объектов, соблюдение карантинных фитосанитарных требований стран-импортеров, в том числе:

- устанавливает требования к методам и способам карантинного фитосанитарного обеззараживания, обеспечивающие качество выполнения работ по указанному обеззараживанию, и порядок оформления их результатов;

- разрабатывает правила и методики проведения карантинного фитосанитарного обеззараживания, проведения лабораторных исследований в области карантина растений;

- разрабатывает и направляет в Федеральную службу по аккредитации критерии и условия, необходимые для проведения лабораторных исследований в области карантина растений;

- разрабатывает лицензионные требования, предъявляемые к соискателям лицензий на право выполнения работ по карантинному фитосанитарному обеззараживанию;

- утверждает перечень пунктов карантина растений;

- устанавливает карантинные фитосанитарные требования к ввозу в Российскую Федерацию подкарантинной продукции высокого фитосанитарного риска;

Россельхознадзор взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности.

Россельхознадзор осуществляет:

- организацию проведения карантинного фитосанитарного обеззараживания подкарантинной продукции, подкарантинных объектов, в том числе при осуществлении экспортно-импортных поставок.

- организацию проведения лабораторных исследований в области карантина растений;

- иные полномочия в установленной сфере деятельности, если такие полномочия предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации.

Россельхознадзор с целью реализации полномочий в установленной сфере деятельности имеет право:

- организовывать проведение необходимых расследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления надзора в установленной сфере деятельности;

- давать разъяснения юридическим и физическим лицам по вопросам, отнесенным к компетенции Службы;

- привлекать в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности, научные и иные организации, ученых и специалистов;

- применять предусмотренные законодательством Российской Федерации меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и (или) ликвидацию последствий, вызванных нарушением юридическими лицами и гражданами обязательных требований в установленной сфере деятельности, с целью пресечения нарушений законодательства Российской Федерации. 

Меры ответственности за нарушения в сфере карантина растений предусмотрены ст. 10.1, 10.2, 10.3 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях от 30.12.2001 № 195-ФЗ.